TGIRT模板互转RNA测序扩增试剂盒

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TGIRT模板互转RNA测序扩增试剂盒(TGIRTKit25)

说明书

转换原理图

1.1.本试剂盒包含:

本试剂盒适用于Illumina RNA-seq分析中的模板转换反应，包括预混修饰的RNA/DNA异源双链寡核苷酸的TGIRT^®-III酶，DTT及反应缓冲液。本试剂盒可用于以RNA为模板合成5'端带RNA-seq接头的cDNA。在用于RNA-seq文库的构建时，必须在PCR扩增前用热稳定的5'AppDNA/RNA连接酶 (New England BioLabs; M0319S or M0319L)在cDNA的3'端引入另一个RNA接头（可单独购买）

1.2.TGIRT®-III酶的特性：

该酶比逆转录酶具有更好的热稳定性、持续合成能力和保真性，可以实现从复杂结构或高度修饰的RNA进行全长、末端到末端的cDNA合成^{1，4,5,6,7,8}。

*的末端到末端模板转换活性可以实现在逆转录过程中添加RNA-seq或PCR接头，并且无需单独在RNA 3'连接接头。模板转换活性大大便利了链特异RNA-seq文库的构建，比用随机单链六聚体引物或使用RNA 连接酶进行接头连接的方法有更好的保真性^{1,4,7, 8}。

1.3.TGIRT®-III酶适用于：

1.各种链特异转录组分析。

2.全细胞、外泌体、血浆/细胞质及其它无细胞RNA样品的RNA-seq。

3.miRNA和其它小分子非编码RNA的分析。

4.RIP-seq, HITS-CLIP, CRAC, 核糖体分析。

1.4.TGIRTKit25的优势：

1.更强大的转录分析能力及无偏差分析。

研究表明，去核糖体RNA、片段化通用人类标准RNA参照样本的TGIRT®-seq测序兼具人类转录本相对丰度和人工合成mRNA的众多优点，与非链特异性TruSeq v2测序相当，比链特异性Tru-Seq v3更具优势。TGIRT®-seq在链特异性上明显优于Tru-Seq v3，但却没有TruSeq v3测序固有的源于随机引物的样本偏差。同时，TGIRT®-seq表现出更均一的5’端到3’端基因覆盖以及鉴定更多的剪切位点，还可同时在同一次RNA测序中分析mRNAs、lncRNAs和小分子非编码RNA，包括在TruSeq中通常无法分析的tRNA⁸。

2.可对全细胞、外泌体、血浆/细胞浆等其它胞外RNA进行测序分析。

快速（全程小于5小时，包括RNA文库构建及PCR步骤），样本需要量极少（纳克级），强大的转录组分析能力，包括 mRNAs、lncRNAs以及其它小分子非编码ncRNAs，如全长tRNAs和 pre-miRNAs等，较常规RNA测序分析具有更小的偏差^7,8。

3.比常规的逆转录RT有更强大的持续合成能力和链置换能力。

强大的持续合成能力和链置换能力可实现全长的、末端到末端的tRNAs及其它小分子非编码RNA的cDNAs，这是常规逆转录RT无法实现的^4-7。

4.利用TGIRT®模板转换法构建RNA测序文库可用于miRNA，RIP-seq, HITS-CLIP, CRAC, 核糖体测序分析。

快速便捷（全程小于5小时，包括RNA文库构建及PCR步骤），仅需少量样本（纳克级），无需RNA连接酶，无偏差。

1.5.参考文献:

1.Mohr, S., Ghanem, E., Smith, W., Sheeter, D., Qin, Y., King, O., Polioudakis, D., Iyer, V.R., Hunicke-Smith, S. Swamy, S., Kuersten, S., and Lambowitz, A.M. Thermostable group II intron reverse transcriptase fusion proteins and their use in cDNA synthesis and next-generation RNA sequencing. RNA 19, 958-970, 2013.

2.Collins, K. and Nilsen, T. Enzyme engineering through evolution: thermostable recombinant group II intron reverse transcriptases provide new tools for RNA research and biotechnology. RNA 19, 1017-1018, 2013.

3.Enyeart, P.J., Mohr, G., Ellington, A.D., and Lambowitz A.M. Biotechnological applications of group II introns and their reverse transcriptases: gene targeting, RNA-seq, and non-coding RNA analysis. DNA 5:2, 2014.

4.Katibah, G.E., Qin, Y., Sidote, D.J., Yao, J., Lambowitz, A.M. and Collins, K. Broad and adaptable RNA structure recognition by the human interferon-induced tetratricopeptide repeat protein IFIT5. Proc. Natl. Acad. Sci., USA, 111, 12025-12030, 2014.  

5.Shen, P.S., Park, J., Qin, Y., Li, X., Parsawar, K., Larson, M.H., Cox, J., Chen, Y., Lambowitz, A.M., Weissman, J.S., Brandman, O., and Frost, A. Rqc2p and 60S ribosomal subunits mediate mRNA-independent elongation of nascent chains. Science 347, 75-78, 2015.

6.Zheng, G., Qin, Q., Clark, W.C., Yi, C., He, C., and Lambowitz, A.M. and Pan, T. Efficient and quantitative high-throughput transfer RNA sequencing. Nature Methods, 12, 835-837, 2015.

7.Qin,Y., Yao,J., Wu,D., Nottingham, R., Mohr, S, Hunicke-Smith, S., Lambowitz, A.M., High-throughput sequencing of human plasma RNA by using thermostable group II intron reverse transcriptases. RNA 22, 111-128, 2016.

8.Nottingham, R.M., Wu, D.C., Qin, Y., Yao, J., Hunicke-Smith, S., and Lambowitz, A.M. RNA-seq of human reference RNA samples using a thermostable group II intron reverse transcriptase. RNA, 22, 597-613, 2016.

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